日本军方高层两派最初的争执体现在是否对中国选择战争。最初，石原莞尔的影响更大。七月八日，参谋总长指示中国驻屯军司令官“为防止事变扩大，要避免进一步使用武力”。七月九日，日本陆军参谋本部确定了向北平及津方面出兵的方案，但遭到了内阁会议的否决。然而，在得知国民政府派遣中央军北上时，“扩大派”瞬间抬头，主战派占领上风。此时日军虽已决定出兵，但日本陆军参谋本部仍希望战争范围局限于华北，当时的日本海军也支持这个决策。相反“不扩大派”认为这远远不够，只有迅速对中国全面开战，以此彻底解决中国问题。

七月十一日，日本陆相杉山元第一次提议要在国内动员时，日本海相米内就提出反对，认为动员将导致在中国的全国战争。所以海军在最初是反对扩大的。但是，海军的态度很快就转变了。七月二十八日，日本开始在长江沿岸撤侨。原因是日本驻南京领事馆前一晚收到秘密情报，中国军方将封锁长江航道，准备将长江内日舰及日侨俘虏。得到消息后，东京连夜召开内阁会议，决定将长江中下游所有日舰、日军、日侨，全部撤到上海。

这样，便有了七月二十八日上午汉口方面日侨奉命紧急撤退。

在日本海军第十一舰队掩护下，长江沿岸近3万名日本侨民从七月二十八日开始撤离，直到八月九日全部撤退完毕。青岛、上海的日侨，因为两地兵力充足，所以采取现地保护的策略。