对其言传身教，倾囊相授。马芳薨逝后，马栋顺理成章的接掌轮台总兵。

轮台距离京师万里之遥，临机决断都是西域都督府总督方逢时做主。马栋在他麾下带着新军跟叶儿羌汗等势力见仗，基本上都是碾压，因此方逢时对马栋高看一眼，并在去年密奏中推荐他带兵北征。

后来，朝廷在万历十二年夏天定下人选，马栋也没有推卸的余地。他以轮台兵为骨干，掺杂了一半换防的新兵，凑足六千五百骑兵，双马或三马——按朝廷给定的进军路线，他将在天气暖和的时候从哈密出发北上，穿越阿尔泰山和萨彦岭，最后踏上罗荒野的土地。

对于马栋来说，西路军的进攻将是漫长的征程。因为地域太大，六千五百兵后面也没有商人提供给养，完全靠朝廷后勤保障——马栋可以预见，他将跟他的父亲马芳遇到的问题一样，除了后勤，还是后勤。

然而，后勤是极难的。经过计算，每运到萨彦岭一斤粮，消耗则超过了八斤。这简直是噩梦一般的压力。因此翻越萨彦岭的方案在庙算时，是远不如东路军穿越漠北的。无法从草原上获得给养，马栋每天都要高度警惕——粮道不容有任何闪失。