。正如历史无数次的皇权斗争一样，兄弟反目终于决裂。

武德二年（619年）末因刘文静事件，高祖已冰封过秦王。只因内外战事不断，唐廷必须仰仗秦王武功，不得不在每次战事吃紧时，一次复一次地启用李世民，而事平之后对战功越发显赫的李世民猜忌更重。武德末期，皇帝猜忌日重，太子齐王日渐紧逼，李世民的处境更加艰难。在武德七年（624年）六月杨文干事件，秦府与太子齐王两败俱伤之后，双方争斗进入白热化。

同年七月突厥再度寇边，情势危急，太子齐王与多数大臣纷纷赞同迁都，唯独李世民直谏，认为夷狄之患不足为惧，请求出征讨伐突厥。高祖听从了他的请求，但是太子与后宫妃嫔却乘机进谗言诬陷李世民谋掌兵权以篡位。高祖再起疑心。之后高祖在城南狩猎，太子将一烈性胡马授予秦王妄图摔死秦王，秦王驯马后完好无伤答以“死生有命”，太子借机令后宫妃嫔妄言“天命”诬陷秦王。高祖大怒，但碍于边境不宁，缺不了李世民这军事奇才，不得不按下此事。一计不成再生一计，太子于东宫设宴欲用毒酒加害李世民，不成。又和齐王策划在昆明池暗杀李世民，并乘机逼宫。幸得率更丞王晊得知阴谋并将此事告知李世民。

经过一系列的事件，持续加剧着秦王府与东宫间的矛盾。秦王妃长孙氏没有放弃弥缝。然而面对丈夫及其部属遭遇的不公和打击，长孙氏越发警醒地意识到摆脱困境的紧迫感。此时的秦王妃长孙氏没有退缩，义无反顾地站在丈夫身后，和胞兄长孙无忌及房玄龄等秦王府僚共同给予丈夫毫无保留的支持。武德九年（626年）六月三日，金星再次在天空正南方的午位，当高祖将傅奕密奏“秦王当拥有天下”告知李世民，处于生死存亡之际的李世民下定了决心。

六月四日凌晨李世民率领秦王府八百将士在玄武门设伏。

通常站在丈夫身后的长孙氏出人意料地出在了丈夫身旁，从容勉励将士。将士们无不感激秦王妃的亲自慰勉，因此更奋发无畏。

妻子无所畏惧地生死相随不离不弃，更激励着丈夫李世民。玄武门之变以秦王的完胜而告终。

三天后的六月七日李世民被立为皇太子，长孙氏随之成为太子妃，八月八日李世民登基为帝，并在登基后十三天册封长孙氏为皇后，从此明君贤后，交相辉映。