命吴昱为太傅，兼领尚书令，主持政务。献帝下诏，群臣上书，吴昱皆以年少才德不足为名推辞，如是三番四次，吴昱乃推太傅之任，而强为尚书之令。

吴昱以朝廷新立，人才匮乏，三公之才不足，又家国离丧，费用不足，乃以实政为主。三公之任待皇帝亲政时再行任命。又东汉以来，政之所出皆在尚书。吴昱提议尚书台办理政务正规化，下设六部，礼户吏兵刑工六部，六部各有尚书。礼部负责祭祀典礼、选举考试及外交。户部负责民赋及税收。吏部负责百官考核及奖惩。兵部负责军备粮草。刑部负责法律及案件审理。工部负责国家基础设施建设。并各因其事，而分诸曹。

献帝及百官闻之，皆以吴昱不贪名利，尽无异议。

实际上这是吴昱改革政事的第一步。在吴昱眼中，三公九卿制度已经难以适应历史的发展。而后世的三省六部制，甚至是六部尚书制才是君主集权制的最佳的方式。这种方式有效的解决了君主与大臣尤其是相国之间的矛盾。而且三公、大将军、太傅这些可以独立开府的官职，简直就是为了给权臣们行方便之门，对君主的威胁甚大，以至于皇帝不得不依靠外戚和宦官来压制。这导致国家上层建筑始终处于动荡不安的境地，于国于民都没什么好处。而三省六部以及配套的科举制，很好的避免了权臣的出现。