帝朱聿键晋封为忠振伯。

顺治三年1646年郑芝龙降清后，归依郑成功，举义抗清。顺治十一年1655年郑成功承制设六官，以洪旭为户官，旋改任水师右军、水师总督，会中提督甘辉取舟山。

顺治十五年1658年郑成功北伐，以洪旭兼理兵官，同黄廷、郑泰一起留守金厦。顺治十七年1660年清军攻打厦门，郑成功与洪旭大破清军。

顺治十八年1661年郑成功率军东征台湾，命洪旭辅佐世子郑经留守思明。康熙元年1662年五月郑成功逝世后洪旭请郑经率兵渡台靖难。

在东渡台湾之后，洪旭建议郑经设置军队驻守澎湖，并且训练军队，加强台湾防卫。并且派遣商船到达日本和东南亚地区通商。康熙五年1666年八月，洪旭因为忧劳过度染寒疾逝世。

这都是他郑芝龙手下的大将，都被他派了出去。