此时，羽柴秀长队击破明智军山之手并河队。

明智军予备队伊势、藤田队从右翼，津田、村上队从左翼夹击羽柴军。两军一直处于一进一退的攻防状态。

战斗的中心是围绕着抢占战场上的高地，两军的军旗在山麓上相互纠缠，战况相当激烈。

然而，随着秀吉的后备部队不断加入战斗，两军的战斗力开始发生变化。

最后由于属于羽柴军的池田恒兴偷袭明智军的津田信春，使得羽柴军成功包围明智军。午后7时，明智军崩溃，光秀下令撤退。自己引败兵700余人逃入胜龙寺城。

然后秀吉采纳了大谷吉继的进言，闪开北面城门，全力攻打其它三面。士气涣散的城内士兵纷纷从北面开城逃去，连光秀也无法阻止。为了谋图东山再起，光秀和少数近臣离开胜龙寺城，逃往坂本城。

在京都山科小栗栖，明智光秀遇上一群拦路的忍者。