的基因建造“零号机”。

人类，在捕捉神明的原型，妄图复制神明。

创造人类新的历史——如此震撼人心的诱惑，即使是冬月也无法抗拒……

2005年，葛城美里、赤木律子、加持良治在大学相遇。

时间回到2003，初号机启动实验前夕，冬月博士与带着小真嗣的碇唯，谈论起了末日之事。

根据《死海古卷》的记载，在不久的将来，第三次冲击必定会发生。

组织就是为了阻止末日才存在的。

碇唯的话很有深意，她留在组织、自愿加入实验，似乎并不是为了这个世界，而是为了真嗣……

时间来到初号机实验的日子，碇唯把小真嗣带到了实验基地，想让儿子亲眼见证人类光明的未来。

那是碇唯说过的最后一句话。

在那天的实验中，碇唯彻底消失了，正如直子心中希冀的那般。

“……”

从各种奇异的镜头中，小笠原猜到了一些事……

从那以后，碇源堂好像换了一个人。

在莫名消失了一周后，碇源堂告诉冬月，他已经提议启动一项新计划——

【人类补完计划】

三年后，律子大学毕业，也加入了研究机构，她撞见了母亲与碇司令的关系……

又过了两年，碇源堂的身边多了一个有着蓝色短发的可爱女孩。

直子看着这个长得与碇唯几乎一模一样的孩子，惊慌不安，她试图寻找凌波丽的资料，却发现所有资料都被人为删除了。

不久后，MAGI完成了。

它是“三个直子”；

身为科学家的直子；身为女人的直子；身为母亲的直子……

也是在这一天，小绫波丽主动找到了赤木直子；

孩童的稚语是成人的镜子，绫波丽一声声的“老太婆”，终于让一直处于自我欺骗中的直子回到了现世。

碇源堂一直以来只是在利用她罢了。

绫波丽稚嫩的脖颈被手掌紧紧掐住……

赤木直子失去了理智，掐死了丽，并在之后自杀身亡。

“……”

小笠原看得心惊胆战……紧紧抱住身旁的伙伴。

这、这一集是什么啊？简直是恐怖片，是政治惊悚片！

大人们尽管维持着救世工作，却仍无法克制人性的阴暗，碇源堂、冬月、赤木直子、碇唯，各有秘辛，都不像正常人。

在阴谋与爱恨纠葛中扭曲不堪！

在这件事之后，组织也正式更名为Nerv。