一年战争早期，由于吉翁公国率先对比诺夫斯基粒子和MS进行实战运用，使吉翁公国在资源人口劣势的情况下屡次获胜。

就在交战时双方舰队布好阵型，联邦军还妄想着可以依靠火力压制敌方军队时，他们惊奇的发现，舰队的雷达不仅失效，无法进行远程对战。

还飞出一群苍蝇般难缠的人形机甲，灵活穿梭在战舰身旁，轰炸关键点、引发爆破，漂亮地取得胜利。

地球联邦很快就反应了过来。

他们凭借资源优势加紧研发，很快产出了可以量产的杂兵机吉姆，以及初代高达动画的主人翁——元祖高达。

UC0079年9月18日，远祖高达开发者提姆·雷的儿子——阿姆罗，在战事慌乱中登上了高达试作二号机。

16岁的阿姆罗是计算机和机械方面的天才。

且他早前研究过父亲的资料（剧场版补充），再加上偶然到了说明书，很快学会了驾驶高达。

阿姆罗初次驾驶高达，便摧毁了两架敌军“扎古”。

他拔出粒子军刀，毫不留情地直捅敌方驾驶舱，其作战手段之狠辣，在日后令无数敌人胆寒。

他们为元祖高达奉上了一个响亮名号——“白色恶魔”。

此次战役后，阿姆罗登上了载有军官、平民、伤员的“白色要塞”战舰，期间遭到自己的宿敌——“红色彗星”夏亚的袭击。

白色的高达与红色的扎古首次发生交战。

夏亚喊出了自己的经典台词：“让我见识联邦MS的性能吧！”

……夏亚见识到了，扎古不敌，于是撤退。

之后，“白色要塞”不断逃亡，一直目标着与联邦军汇合。

吉翁军的夏亚也一直在追击主角一行人。

好不容易逃到了地球，却因为夏亚的阻击，白色要塞降落到了吉翁军的势力范围。

阿姆罗驾驶性能强大的高达，在一次次作战中击退敌军，可与此同时他的性格开始变得乖张暴戾，精神也愈发异常……

战争中，敌军首领——扎比家的小儿子卡尔玛，在夏亚的暗算与主角团的反击中死亡。

夏亚的故事被牵出，他是吉恩·戴肯的儿子，与主角团中的塞拉是亲兄妹。

他一直认为父亲死于扎比家的篡位暗杀，多年来谋划着自己的“王子复仇记”。

之后，主角团与敌军的战事依旧接连不断。

在战斗的过程中，阿姆罗也完成了内心成长，变得更有担当和责任感。

他一度因为不被认可而离开母舰，但最后，他还是选择回归，为了同伴而战斗。

之后联邦军逐渐取得战场优势，压制吉翁军。

这次行动后，主角团升级成为正规军。

吉翁方面，夏亚重新掌兵，并不断阻击地球联军，与白色要塞发生多次交战。

两军在中立区——SIDE6停留期间，阿姆罗遇到了神秘少女拉拉，一名能心灵感应的新人类。还与夏亚肉身相见，却并不知晓对方的真实身份。

新人类（YPE）的概念被提及，缩写为NT，也就是高达作品中的新生代的代称。

新人类的出现，是由于人类长时间在太空中生活，进化出了具备特殊空间感知能力，认知能力强，彼此间有心灵感应的新型人类，不同个体的表现也不一样。

主角等人就是在太空战斗中，逐步进化成了新人类。

随后，有超凡能力的新人类们陆续投入战争，其中也包括拉拉。

战中，阿姆罗与拉拉的心意短暂交融，两人都想停战，而夏亚却不肯罢手。

拉拉为了保护夏亚被阿姆罗杀害，阿姆罗与夏亚都因拉拉的死痛心不已，仇恨不可挽回。

在最终决战中，联邦军直指吉翁公国本部。

吉翁军内部不和，父慈子孝，兄友妹躬，一番自相残杀过后，只剩最后一位统领——基西莉亚。

夏亚得到了性能强大的新机体吉翁号，并与阿姆罗决战。

从机战到枪战、从枪战到刀战，两台机体双双报废，两人也即将同归于尽！

就在这时，塞拉和拉拉的意识突然和两人进行沟通。

阿姆罗与夏亚对峙：

“新人类不是用来互相残杀的工具……”

“但是在战场上是强力的武器，这是没有办法的！”

双方各执一词，夏亚仍不认同他们，他救下塞拉后离去。

吉翁军统领基西莉亚下令启动要塞自爆，她在逃亡过程中，被赶来的夏亚一炮杀死。

至此，扎比一家灭亡，夏亚完成了自己的复仇，自己也生死不明。

要塞即将自爆，而白色木马的所有同伴都还在要塞中战斗。

奄奄一息的阿姆罗得到了拉拉的意识援助，通过意念协助所有的伙伴从战地疏散