千代带领大量砂忍进攻木叶，加藤断带队迎敌，由于寡不敌众，使用灵化之术，本体未能得到保护，赶来的纲手和大蛇丸无力回天，不治身亡，后纲手与千代展开一场医疗对战，纲手略胜一筹。

此时的自来也，正在雨隐村照顾，弥彦，长门，小南三人。

与此同时，三代雷影和三代土影开始互相不对付，本来大野木要打雨隐村，云隐突然攻过来，大野木不得撤退进行回防，至此第二次忍界大战结束。

雾隐未参战。

【第二次忍者大战遗留后续】

第二次忍界大战遗留下太多问题，此战，砂隐村因为三代风影的一意孤行，损失了80%的国力。

木叶损失加藤断，纲手患上恐血症，大蛇丸因为爱徒千手绳树的死明白生命之脆弱，心态开始转变。

自来也发现长门的轮回眼，想起大蛤蟆仙人的预言，开始教导长门三人忍术。

第二次忍界大战开打期间，旗木卡卡西，惠比寿，月光疾风，迈特凯，照美冥，桃地再不斩，马基，二位由木人，麻布伊，岩隐村的文牙，泷之国未来壳组织的三途阿玛多，霜之国博罗等人都在这几年出生。

此时的三途阿玛多还是个小孩，并未踏入科技领域，却是未来壳组织举足轻重的大人物。

三忍分道扬镳，纲手带上恋人侄女静音离开木叶，大蛇丸则是开始生物科学和咒印的研究，企图长生不老。

自来也与徒弟波风水门一起修炼。

与此同时，刚立过大功的木叶白牙，因执行任务为拯救同伴导致任务失败，受不了村里的指责语言暴力，加上被救同伴的谴责自杀身亡。

与此同时，第三代雷影为培养继承人，找到奇拉比与之儿子成为搭档。

在此期间，蝎神不知鬼不觉暗杀三代风影，并将他作为傀儡，离开砂隐。

由于砂隐派遣大量忍者搜寻三代风影，莫名其妙成了战争的导火索。

【第三次忍界大战】

由于没找到三代风影，砂隐村认为是木叶把三代风影给掳走，执意要木叶给说法。

于是砂隐和木叶再次开战，云隐岩隐趁火打劫，攻打木叶。

新生代上战场，波风水门带领旗木卡卡西，宇智波带土，野原琳第七班，秋道丁座带领惠比寿，不知火玄间和迈特凯第三班，月光疾风则是被招入暗部。

御手洗红豆则成为大蛇丸学生，猿飞阿斯玛和地陆则是在几年后成为守护忍十二士。

云隐艾比组合进攻木叶，被波风水门击退，随后艾比组合得到命令与第三代雷影一同攻击砂隐。

同时期，罗砂继任第四代风影，使用从三代风影继承来的磁遁操控砂金的能力，击退云隐的进攻。

由于云隐进攻砂隐的原因，砂隐与木叶的战斗突然停止，木叶一方剩下双线开战。

雾隐加入战斗，与岩隐一起向木叶发动进攻。

青主动出战，木叶派遣宇智波止水应战，击退青，随后雾隐三代水影派遣忍刀七人众出手，同时岩隐大军攻来，三代火影犹豫再三后，决定派遣新生代上战场。

雾隐前线，迈特凯等人碰上忍刀七人众，迈特戴赶来，使用八门遁甲之阵，最终击杀四名忍刀，西瓜山河豚鬼重伤，琵琶十藏和雷牙则是逃走。

岩隐战斗，东死人带领岩隐部队与木叶大部队开战，另一边，魔蛭大石和火光在草隐村的神无毗桥与卡卡西队狭路相逢。

宇智波带土开启写轮眼，重伤后将另一只眼交给卡卡西。

最后波风水门赶来救下野原琳和卡卡西。

岩隐退兵，转头投入一万兵力进攻云隐村，第三代雷影为给同伴争取逃离的时间，一人独战万名岩忍，三天三夜，最后力竭而亡。

第三次忍界大战明面战斗结束。

随着第三代雷影牺牲，其儿子继承第四代雷影。

因害怕失去亲人，三代雷影解散艾比组合，将奇拉比软禁在云雷峡，没有允许不得出村。

与此同时雨隐村长大的长门，弥彦，小南创立晓组织，随着晓的壮大，开始引起山椒鱼半藏的注意。

另一边志村团藏一直希望村里再出现一名木遁忍者，在三代的默许下，展开研究，随着自愿配合研究的人无法融合柱间细胞牺牲过多，承受不住压力的三代火影禁止团藏继续研究。

并派大蛇丸去监视团藏，谁知大蛇丸接受团藏的提议，暗自研究柱间细胞，并出现一例成功的实验体，代号甲（日后的大和队长）

在此期间，团藏开始找事，找到根退役人员孤儿院药师野乃宇，将药师兜引入大蛇丸名下。

另一边神无毗桥，宇智波带土在被岩石覆盖后幸运坠入宇智波斑挖掘的地底可活动的隧道，被宇智波斑所救。

宇智波斑开始洗脑，于是安排了一场戏剧，并用柱间细胞和白绝帮他补上左边损坏的身体。

在救治带土的过程在其心脏下了符咒，并一直给他洗脑。